Школа была открыта в 1919 году (в то время была школой № 16 Северной железной дороги и находилась около Московского вокзала). По инициативе железнодорожников в 1927 г. ей было присвоено имя Н. И. Подвойского.

Новое здание было построено  в 1971 году в новом микрорайоне на проезде им. Подвойского.